當水體中的磷含量超過水體自淨能力後，就會出現富營養化或者藻類繁殖泛濫現象。選擇除磷方法之前先看磷的價態，正磷是+5價，次磷是+1價，亞磷是+3價，有機磷價態不定。正磷的去除方法比較成熟係統，分為生物除磷和化學除磷。

化學除磷主要方法是化學沉析法，將磷酸鹽變成不溶性鹽再析出。現在主要有鈣鹽、鋁鹽、鐵鹽。

在這些沉澱反應過程中要注意pH,避免金屬離子和氫氧根發生沉澱反應。

在投加藥劑後，磷酸鹽會以難溶性顆粒的形式析出，然後還需要絮凝作用來將懸浮物的非溶性顆粒相互粘結，加快沉澱過程。常見的絮凝劑有PAC、PAM，需要在加入後攪拌。

生物除磷是利用聚磷菌的生化作用除磷。基礎原理是：利用聚磷菌在厭氧條件下能充分釋放其細胞內的聚合磷酸鹽，而在好氧條件下又能超過其生理需要從水中吸收磷，並將其轉化為細胞體內的聚合磷酸鹽的特性，形成富含磷的生物汙泥，通過沉澱從係統中排出這種富磷汙泥，從而達到從廢水中除磷的效果。

生物化學除磷並不是完全分開的，化學除磷劑也會用於生物除磷工程中，時間不同，效果也不同，稱之為化學輔助除磷工藝。化學除磷劑可以在除磷的同時絮凝部分含氮化合物，會提高混合液的導電率，對不溶性顆粒的沉澱有幫助，但是除磷劑的過度投加也會對活性汙泥除磷有負麵影響，所以計算投加量也十分重要。